Ačkoli vznikla v roce 1968 „jen“ jako testovací závod výkonnosti horolezců TJ Lokomotiva Liberec, kteří se koncem 60. let připravovali na náročné horolezecké expedice, má dnes stálé místo v prestižní světové sérii Worldloppet. V ní je zapojeno 14 členů světové ligy dálkových běhů.

První ročník se uskutečnil poslední lednovou sobotu v roce 1968, za účasti 52 závodníků, a vedl napříč Jizerskými horami z Bedřichova do Kořenova a zpět. Vítězem se stal Josef Driml z pořádající TJ Lokomotiva Liberec.

Třetího ročníku se v roce 1970 zúčastnili všichni členové Expedice Peru 1970, které o čtyři měsíce později, 31. května 1970, pohřbila kamenná lavina v Andách pod Huascaránem. Čtvrtý ročník se posléze již konal pod přídomkem Memoriál Expedice Peru 70.

Počet účastníků rychle rostl a účast přesahovala sedm tisíc závodníků.

Stále se jednalo spíše o masovou akci, bez účasti vrcholových lyžařů. Jizerská padesátka byla brána v 80. letech spíše něco jako „zimní spartakiáda“.

Po roce 1989 se počet přihlášených snížil a následně se ustálil na 2500 závodnících. V posledních letech popularita závodu neustále stoupá, což se odráží i na zvyšujícím se počtu závodníků, ale v novodobé historii J50 je maximální možná účast omezena, protože se jede na území Chráněné krajinné oblasti Jizerské hory.

Zatím jediný závodník, kterému se povedlo zvítězit ve třech letech po sobě, byl v letech 1985-1987 Jiří Beran.

Čtyřikrát, naposledy letos, byl závod z důvodu nedostatku sněhu zrušen. V roce 1993 byl ze stejného důvodu přeložen na březen.

V tom roce naposledy pořádala závod TJ Lokomotiva. Pořadatelem je nyní Ski klub Jizerská padesátka, který má jednu stálou zaměstnankyni a předseda organizačního výboru je sezonním zaměstnancem. Členové OV jsou dobrovolníci.

Organizací je pověřena společnost Mather Activation a generálním partnerem Patria Direct.

Jizerská padesátka již dávno není jen jediným hlavním nedělním závodem, ale několikadenní akcí s řadou doprovodných běhů.

Tentokrát se jedná o páteční (11. 1.) Bedřichovskou 30, sobotní Mini Jizerskou 50, což je dětský závod, dále firemní závod štafet na 4x4 km volně a v neděli kromě padesátikilometrové trati také běh na 25 km.