Hrad je tradičním zimovištěm a hnízdištěm několika druhů. Nejznámějším druhem na hradě je vrápenec malý, který patří mezi kriticky ohrožené druhy netopýrů v Čechách. Zimní kolonie vrápence malého na Valdštejně zahrnuje celkem 37 jedinců.

Na Valdštejně zimují netopýři.Zdroj: Radim ŠtíchaMezi další druhy netopýrů, kteří na Valdštejně přezimují, patří netopýr ušatý, netopýr řasnatý a jeden netopýr velký. Posledně jmenovaný zimuje v jeskyni na třetím skalním bloku. Ostatní se zabydleli ve sklepení pod prvním nádvořím.

Zimní kolonie netopýrů bývá tradičně nižší než ta letní, kdy počet jedinců přesahuje hranici 100 zvířat. Právě v letní sezóně jsou netopýři na Valdštejně tématem hry pro děti, které si mohou na pokladně hradu zdarma vyzvednout pracovní list s různými úkoly. Zároveň je na druhém nádvoří k dispozici vitrína se zajímavostmi právě ze života „valdštejnských netopýrů“.